
之前我们略述了代谢组学的课题设计,按照设计的思路进行实验后,就需要进行代谢样本的收集了。今天咱按照不同类型的样本,给大家提供一点收集的建议。
在有限的细胞核空间中,基因组的大部分是紧密折叠的,仅留下需要转录的部分是开放的。打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq是利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的技术。 ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。
DNA甲基化(DNA methylation)是目前研究得清楚、也是重要的表观遗传修饰形式,主要是基因组DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基间的共价结合,胞嘧啶由此被修饰为5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。别看这只是一个小小的改变,它所起到的作用却是巨大的!有些科学家甚至将DNA甲基化叫做“第五种碱基”!
凯发k8国际目前已经先后建成DNA甲基化检测芯片/二代测序平台、RNA甲基化分析平台,组蛋白修饰分析平台、转录因子分析平台和开放染色质分析服务平台。2012年至今,凯发k8国际表观产品线已经累计为客户完成约1000例以上科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、FFPE等各类实验样本约2万例以上,涵盖肿瘤、胚胎发育、复杂疾病等各个领域,协助客户在J Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis等高水平期刊发表论文30余篇,累计影响因子150以上(累计到2020年3月)。下面让我们一起来欣赏下部分高分文章吧。
ceRNA(竞争性内源RNA)是近几年的研究热点,已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。ceRNA(常见的为lncRNA和circRNA)可以通过应答元件(microRNA response elements, MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。
截止2020年3月份凯发k8国际协助客户发表高质量文章总量1706篇(破1700了),平均2.3天发一篇文章。3月共有21项文章成果,与各位老师好文共赏!
在医学研究中,我们近年更关注的是RNA-seq,各种RNA-seq:测整体的bulk RNA-seq,测单细胞的RNA-seq,还有近期兴起的空间转录组(Spacial gene expression)……国自然中,非编码RNA的研究也受到了很大的关注。这些似乎都在告诉我们:得了RNA,就得天下!
RNA m6A修饰作为2019年国自然申请中的黑马,2019年m6A RNA甲基化项目共计179项,总金额1.1亿元左右,单项目获批金额有305万元,其中面上项目89,青年科学基金项目81。